Kính hiển vi huỳnh quang (Fluorescence microscope) là một kỹ thuật hiển vi quang học, trong đó sử dụng hiệu ứng phát huỳnh quang của vật mẫu để tạo ra hình ảnh, để nghiên cứu cấu trúc và tính chất các mẫu vật hữu cơ hay vô cơ (đặc biệt là các mẫu sinh học).[1] Khái niệm "hiển vi huỳnh quang" cũng bao gồm các kỹ thuật hiển vi khai thác hiệu ứng phát huỳnh quang để tạo ảnh, ví dụ như kính hiển vi đồng tiêu,..[2]